Начало девяностых стало для России временем больших перемен. Демократизация. Реформа розничных цен. Переход на рыночные отношения. Поворотным моментом этого периода стало создание в структуре предприятия нового подразделения – Опытного завода прикладных радиохимических технологий (ОЗПРТ). Это было вызвано необходимостью улучшения координации работ различных производственных, исследовательских и инженерных подразделений, функционирующих в зоне строгого санитарного режима.

Работа в условиях финансово-экономического кризиса требовала от руководства МосНПО «Радона» энергичных и эффективных действий по поддержанию и развитию инфраструктуры предприятия. Множество изменений произошло в кадровой структуре «Радона». Сформировался Центр по международному сотрудничеству и связям с общественностью (ЦМССО). В 1996 году тридцать групп иностранных специалистов посетили загорскую площадку МосНПО «Радон». Среди них – американские компании Westinghouse и Foster Weeler, французские SGN и COJEMA, немецкая фирма NUKEM, испанская ENRESA, бельгийская ONDRAF, южнокорейская SAMSUNG, BNFL из Великобритании и др.

Cпециалисты «Радона» (руководитель проекта С.А. Дмитриев) приступили к строительству новой плазменной установки сжигания отходов «Плутон», при помощи которой можно перерабатывать как жидкие, так и твердые отходы без тщательной сортировки. При этом образовавшийся конечный продукт (шлаковый компаунд) был чрезвычайно устойчив к агрессивным воздействиям и прочно фиксировал радиоактивные и другие опасные вещества. Этим достижением «Радона» сразу же заинтересовались ряд отечественных и иностранных организаций. Израильскую компанию «Энвайрментл энерджи» привлекла возможность установки перерабатывать как радиоактивные, так и другие типы отходов – бытовые, медицинские, химические.

Специалисты МосНПО «Радон» завершили операцию по демонтированию десяти старых хранилищ РАО, располагавшихся на территории Российского научного центра «Курчатовский институт».