Работа в условиях финансово-экономического кризиса требовала от руководства МосНПО «Радона» энергичных и эффективных действий по поддержанию и развитию инфраструктуры предприятия. Множество изменений произошло в кадровой структуре «Радона». Сформировался Центр по международному сотрудничеству и связям с общественностью (ЦМССО). В 1996 году тридцать групп иностранных специалистов посетили загорскую площадку МосНПО «Радон». Среди них – американские компании Westinghouse и Foster Weeler, французские SGN и COJEMA, немецкая фирма NUKEM, испанская ENRESA, бельгийская ONDRAF, южнокорейская SAMSUNG, BNFL из Великобритании и др.

С некоторыми из них были проведены совместные договорные работы. Так с фирмой NUKEM была разработана плазменная установка плавления зольного остатка от сжигания РАО, с SJN – одна из модификаций установки остекловывания жидких РАО, с MARTIN MARIETTA (США) – технология очистки сточных вод с помощью электрокинетических способов. С австралийской фирмой ANSTO проводились исследования матриц типа «Синрок» для надежной иммобилизации РАО.

Начались работы в рамках международной программы ТАСИС, направленной на оказание технической помощи Комиссией Европейского сообщества по модернизации комплекса обращения с РАО с целью повышения радиационной безопасности.

Увеличилось число специалистов «Радона», выезжающих в зарубежные командировки для участия в конференциях, семинарах, симпозиумах, проведения переговоров и выполнения экспертных миссий, проводились экскурсии для старшеклассников в зону работ с радиоактивными материалами, активно осуществлялась пропаганда природоохранного характера деятельности предприятия.

Установка ЭКО-3, созданная специалистами МосНПО «Радон» и доставленная в Северодвинск, осуществила переработку жидких радиоактивных отходов (свыше 2 000 куб. метров).

При помощи Установки ЭКО-2 была оказана помощь Волгоградскому спецкомбинату «Радон» по очистке жидких РАО (свыше 1 000 куб метров).

Группа специалистов МосНПО «Радон» была отмечена премией Правительства РФ в области науки и техники за разработку «научных основ и методики обеспечения радиоэкологической безопасности на базе биоиндикации и геохимии ландшафтов». Премию получили генеральный директор И.А. Соболев, первый заместитель генерального директора С.А. Дмитриев.

В ОЗПРТ «Радона» была разработана и испытана в действии опытная установка «Клинкер», предназначенная для переработки радиоактивных илов.

Учитывая накопленный опыт, на предприятии был создан отдел по подготовке специалистов в области обращения с РАО и охраны окружающей среды, организованы региональные курсы по программе МАГАТЭ с демонстрацией методов обращения с РАО перед их помещением на длительное хранение. Первые курсы начали работу 12 апреля 1999 года. (За 11 лет существования обучение прошли свыше 300 специалистов из почти тридцати стран.)

В 1998-ом предприятие получило свидетельство о государственной аккредитации научной организации. Был создан Диссертационный совет и открыта аспирантура по теме «Технология редких, рассеянных и радиоактивных элементов».

В 1998 году система радиационного мониторинга Москвы включала в себя 50 постов контроля радиационного фона и около 200 точек контроля состояния окружающей среды. Все показания были объединены в постоянно действующую автоматизированную систему контроля радиационной обстановки (АСКРО).

Начиная с 1998 года, МосНПО «Радон» ежегодно оформляет радиационно-гигиенический паспорт. Его цель – оценка и прогноз радиационно-экологической ситуации в Москве и выработка на их основе предложений, направленных на снижение уровней облучения населения.

В 1998 году по проекту «Кассиопея» разработано хранилище РАО, в котором можно не только размещать контейнеры с отходами на безопасное хранение, но и, в случае необходимости, выгрузить их с целью перемещения в любую указанную точку.

В начале 1998 года специалисты «Радона» приняли участие в акции по обезвреживанию мощного источника ионизирующего излучения в Чечне. По завершению работ группа сотрудников МосНПО «Радон» была представлена к правительственным наградам.

В январе 1999 года в МосНПО «Радон» была введена в эксплуатацию опытно-промышленная установка остекловывания, разработанная и смонтированная специалистами предприятия.

В 2000 году был запущен в промышленную эксплуатацию автоматизированный комплекс «Суперкомпактор», разработанный голландской фирмой «Фонтейн».

В 2000 году специалистами «Радона» были разработаны и смонтированы установка плавления зольного остатка и опытная установка «Лагуна», предназначенная для переработки радиоактивных ионообменных смол. Было введено в эксплуатацию хранилище принципиально новой конструкции с арочным навесом.

Специалисты «Радона» по приглашению Роскосмоса приняли участие в дезактивации оборудования, помещений и технических площадок на космодроме Байконур, загрязненных радиоактивными веществами.
В структуре предприятия был создан Центр метрологии, стандартизации и сертификации эколого-технологической деятельности.

Был введен в строй скоростной канал для пользования услугами глобальной сети Internet, позволивший модернизировать и ускорить процесс получения и обмена информацией.

В 2000 году специалистами предприятия был получен первый зарубежный патент (США) на изобретение «Устройства для остекловывания радиоактивных и токсичных отходов, содержащих ионообменные смолы». (В настоящее время у предприятия более 120 патентов).

Генеральному директору МосНПО «Радон» Игорю Андреевичу Соболеву за многолетнюю плодотворную деятельность в области совершенствования и развития системы обращения с радиоактивными отходами от неядерных применений было присвоено звание «Заслуженного деятеля науки Российской Федерации». Директор Загорского отделения «Радона» Евгений Михайлович Тимофеев за работы по созданию стационарных и мобильных установок для переработки РАО различной морфологии был удостоен звания «Заслуженный эколог Российской Федерации».

Награду заслужила журналистская работа. Начальник отдела по связям с общественностью С.П. Шмелев стал победителем регионального творческого конкурса журналистов (за серию публикаций об истории и ветеранах МосНПО «Радон»).

Предприятие внесло посильный вклад в процесс восстановления храмов в селах Иудино и Махра, в ремонт действующей церкви села Шеметово. Благотворительная деятельность «Радона» была отмечена Благодарственной грамотой Митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия, врученной генеральному директору предприятия И.А. Соболеву.

В поселке Новый был образован подростковый клуб «Фортуна», где работало 12 различных кружков для детей работников предприятия, ускоренными темпами велись строительно-монтажные работы и оборудование новой котельной на газовом топливе.

Визит экспертов по программе «ТАСИС»	На церемонии награждения участников «чеченской» операции	Установка остекловывания РАО
А.П.Кобелев со специалистами США у стенда «Холодный тигель»	У пульта автоматизированного комплекса «Суперкомпактор»