Начало девяностых стало для России временем больших перемен. Демократизация. Реформа розничных цен. Переход на рыночные отношения. Поворотным моментом этого периода стало создание в структуре предприятия нового подразделения – Опытного завода прикладных радиохимических технологий (ОЗПРТ). Это было вызвано необходимостью улучшения координации работ различных производственных, исследовательских и инженерных подразделений, функционирующих в зоне строгого санитарного режима.

Ученые и технологи развивали и модернизировали достижения предшественников, расширяли горизонты науки обращения с РАО. Ими были созданы уникальные современные технологии, позволяющие перерабатывать практически все виды радиоактивных отходов. В процессе переработки их превращают в химически стойкий, механически прочный стабильный продукт, пригодный для безопасного длительного хранения.

Параллельно с промышленной переработкой и хранением отходов в ОЗПРТ ведутся масштабные научно-исследовательские и опытно-конструкторские работы, внедряются новые технологии, а также технологические комплексы по переработке РАО. Некоторые из них не имеют мировых аналогов, например, установка остекловывания жидких РАО, шахтная плазменная установка для переработки твердых радиоактивных отходов.
Все работы по изучению и прогнозированию радиоэкологической обстановки, мониторингу радиоактивных и токсичных отходов в «Радоне» были объединены в составе единого Московского научно-исследовательского радиоэкологического центра
С 1992 года «Радон» стали активно посещать представители зарубежных организаций. Ознакомиться с достижениями МосНПО «Радон» приезжали специалисты из Швеции, Германии, США, Норвегии, Китая, Чехословакии, Канады.

Девять месяцев 1993 года прошли в спокойном и размеренном ритме. Предприятие работало в штатном режиме. Но последний квартал года выдался необычайно богатым на события, вызвавшими настоящий ажиотаж в средствах массовой информации по отношению к деятельности МосНПО «Радон».
После известных событий в октябре 1993 г. вместе со спецназом и саперами в здание московской мэрии вошли дозиметристы и сотрудники службы радиационно-аварийных работ МосНПО «Радон». Они осуществили радиационную разведку коридоров и помещений здания.

В ходе поиска было обнаружено большое количество обгоревших пожарных извещателей системы РИД (радиационный извещатель дыма), в котором используется радиоактивный плутоний-239. Выяснилось, что часть извещателей серьезно пострадала. Пластмассовый корпус расплавился до образования бесформенного черного слитка. Все загрязненные материалы были собраны и вывезены на безопасное хранение. По завершении этой аварийной операции сотрудники «Радона» получили благодарность от Правительства Москвы.
Чуть позже в ноябре 1993 года специалистам службы радиационно-аварийных работ довелось осуществить еще одну необычную акцию – вывезти из Музея Революции радиоактивный портрет Сталина. Портрет, если верить рассказам хранителей, врученный лично И.В. Сталину представителем пролетариата и декхан Средней Азии в 1944 году, был нарисован красками на основе солей радия и светился в темное время суток. 

Изображение генералиссимуса было нанесено на металлический оклад. Под ним была картонная подкладка, на которой под воздействием радиации отчетливо отпечатался негатив портрета.
Сообщения об уникальных операциях «Радона» прозвучали на радио и телевидении, были напечатаны «Комсомольской правдой», «Известиями», «Московской правдой», «Московским комсомольцем», «Ассошиэйтед Пресс».

Положительно сказалось и посещение предприятия рядом журналистов нескольких популярных газет и телеканалов, подготовивших объективные материалы о «Радоне». Одной из групп была бригада телевизионщиков из крупнейшего в Японии информационного холдинга «Асахи». В ее составе была известная журналистка Мидори Миядзаки, интервью с которой после визита в «Радон» было опубликовано рядом изданий.
Середина девяностых годов стала серьезным испытанием для всей страны и для МосНПО «Радон», в том числе. Инфляция. Стагнация. Деноминация. Финансовый кризис. Экономический спад.

Механизм выживания предприятия в данных условиях заслуживает отдельного рассказа. Но, кратко говоря, руководство «Радона» делало все возможное, чтобы сохранить инфраструктуру предприятия и рабочее ядро коллектива. Разумеется, были кадровые потери. Уходили «за лучшей зарплатой» молодые талантливые сотрудники. Но приходили из развалившихся организаций специалисты, имеющие бесценный опыт работ в области обращения с радиоактивными материалами.

Изменился в новых условиях статус предприятия. Сохранив традиционное название МосНПО «Радон», предприятие прошло процедуру перерегистрации и получило официальное полное наименование «Московское государственное предприятие – объединенный эколого-технологический и научно-исследовательский центр по обезвреживанию РАО и охране окружающей среды».

Из других событий следует отметить первую стажировку иностранных специалистов в «Радоне», организованную по предложению МАГАТЭ (через Минатом РФ). С 21 ноября по 2 декабря 1994 года молодые сотрудники из Иранского ядерного центра Файнэ Гхадриан Декхорди, Сирус Реза Даваниан и Ахмад-Реза Раджаби стали первыми стипендиатами МАГАТЭ, прошедшими в «Радоне» полный курс обучения по теме «Обращение с радиоактивными отходами».

Из общественно-значимых событий следует выделить проведение на базе МосНПО «Радон» и пансионата «Загорские дали» международного семинара Ядерного Общества России «Современное состояние проблемы обращения с радиоактивными отходами» (12-15 сентября 1995 г.). Впервые в «Радоне» собрались многие представители атомной науки.

На установке сжигания РАО. Пульт управления	Спецмашины в «Радоне»	Вывоз РАО из Троице-Сергиевой Лавры
		<
Интервью И.А.Соболева телевидению «Асахи»	Корреспондент «Асахи» Мидори Миядзаки	Экскурсию для участников ЯОР проводит А.С. Баринов